Pupput est probablement habitée depuis le Ve siècle av. J.-C. par des Berbères et des Carthaginois Il y a un temple et une inscription dans la ville punique de Thenisut, située à Bir Bouregba, mais des ruines puniques n’ont pas été découvertes sur le site même de Pupput.

La colonie existait déjà au premier siècle avant JC et aurait pu être d’origine berbère ou punique. Il était simple député dans les terres carthaginoises sous le règne de l’empereur romain Antoninus Pius (IIe siècle après JC). On suppose peut-être que le politicien romain Salvius Julianus était né dans le village, et peut-être grâce à lui Pupput est devenu la colonie d’honoraire sous l’empereur Commode (185-192). À l’époque, la ville était très probablement une ville satellite de son voisin Neapolis. D’après une inscription conservée au Musée national du Bardo Tunis et dédiée à l’empereur Licinius de l’IVe siècle, le nom romain de la ville était « Colonia Aurelia Piapput Felix Augusta »

L’ancienne ville de Pupput est redevenue un vice dans l’Antiquité tardive.

Au Moyen Âge, la ville devient une partie de les territoires byzantine et une citadelle était construite pour la protéger. Après la conquête arabe à la fin du VIIe siècle, la ville prit le nom de Qasr Zaid avant d’être prise et détruite par des pirates catalans en 1303. Cela marqua la fin de la ville où les brûleurs à charbon d’Hammamet venaient s’installer.